院工程實驗室是國家和院科技創新體系的重要組成部分，旨在圍繞我院重大工程建設和產業發展的迫切需求，加強關鍵技術供給，提升產業持續發展能力；充分利用現有研發基礎和條件，發揮我院的引導作用，以增量投入帶動原有創新資源的優化配置；充分發揮產學研等各方優勢和積極性，針對不同領域特點和實際情況，采取靈活有效的組織形式和運行機制。截至2020年11月，已啟動工程實驗室33家。   
　　序號
　　項目名稱
　　研究所
　　執行期 
　　1
　　中國科學院石墨烯工程實驗室
　　中國科學院寧波材料技術與工程研究所
　　2018.7-2021.6
　　2
　　中國科學院黃河三角洲現代農業工程實驗室
　　中國科學院地理科學與資源研究所
　　2018.7-2021.6
　　3
　　中國科學院生態草牧業工程實驗室
　　中國科學院植物研究所
　　2019.1-2021.12
　　4
　　中國科學院獼猴桃產業技術工程實驗室
　　中國科學院武漢植物園
　　2019.7-2022.6
　　5
　　中國科學院智能農業機械裝備工程實驗室
　　中國科學院計算技術研究所
　　2019.7-2022.6
　　6
　　中國科學院綠色肥料工程實驗室
　　中國科學院沈陽應用生態研究所
　　2019.7-2022.6
　　7
　　中國科學院遼河源水源地生態農業工程實驗室
　　中國科學院東北地理與農業生態研究所
　　2019.7-2022.6
　　8
　　中國科學院醫學成像技術與裝備工程實驗室
　　中國科學院深圳先進技術研究院
　　2019.7-2022.6
　　9
　　中國科學院納米酶工程實驗室
　　中國科學院生物物理研究所
　　2019.7-2022.6
　　10
　　中國科學院海島及海岸帶生態修復工程實驗室
　　中國科學院華南植物園
　　2019.7-2022.6
　　11
　　中國科學院腐蝕控制工程實驗室
　　中國科學院金屬研究所
　　2019.7-2022.6
　　12
　　中國科學院農業微生物先進技術工程實驗室
　　中國科學院微生物研究所
　　2020.1-2022.12
　　13
　　中國科學院鹽堿地資源高效利用工程實驗室
　　中國科學院遺傳與發育生物學研究所
　?。ㄊ仪f中心）
　　2020.1-2022.12
　　14
　　中國科學院海洋牧場工程實驗室
　　中國科學院海洋研究所
　　2020.1-2022.12
　　15
　　中國科學院營養工程實驗室
　　中國科學院上海營養與健康研究所
　　2020.1-2022.12
　　16
　　中國科學院離子加速器及質量檢驗檢測工程實驗室
　　中國科學院近代物理研究所
　　2020.1-2022.12
　　17
　　中國科學院湖泊環境治理與生態修復工程實驗室
　　中國科學院南京地理與湖泊研究所
　　2020.1-2022.12
　　18
　　中國科學院地下工程災變與防護工程實驗室
　　中國科學院武漢巖土力學研究所
　　2020.1-2022.12
　　19
　　中國科學院鹽湖鹽礦綠色開發工程實驗室
　　中國科學院西北生態環境資源研究院
　?。ㄇ嗪｛}湖研究所）
　　2020.1-2022.12
　　20
　　中國科學院新型特種精細化學品工程實驗室
　　中科院廣州化學有限公司
　　2020.1-2022.12
　　21
　　中國科學院智能物流裝備系統工程實驗室
　　中國科學院微電子研究所
　　2020.1-2022.12
　　22
　　中國科學院城市固體廢棄物資源化技術工程實驗室
　　中國科學院城市環境研究所
　　2020.1-2022.12
　　23
　　中國科學院電化學儲能技術工程實驗室
　　中國科學院大連化學物理研究所
　　2020.1-2022.12
　　24
　　中國科學院天然活性多肽工程實驗室
　　中國科學院昆明動物研究所
　　2020.7-2023.6
　　25
　　中國科學院心理服務工程實驗室
　　中國科學院心理研究所
　　2020.7-2023.6
　　26
　　中國科學院先進體外診斷技術工程實驗室
　　中國科學院蘇州生物醫學工程技術研究所
　　2020.7-2023.6
　　27
　　中國科學院半導體光電器件工程實驗室
　　中國科學院半導體研究所
　　2020.7-2023.6
　　28
　　中國科學院深地資源裝備技術工程實驗室
　　中國科學院地質與地球物理研究所
　　2020.7-2023.6
　　29
　　中國科學院煤炭清潔燃燒與氣化工程實驗室
　　中國科學院工程熱物理研究所
　　2020.7-2023.6
　　30
　　中國科學院高端裝備潤滑油脂工程實驗室
　　中國科學院蘭州化學物理研究所
　　2020.7-2023.6
　　31
　　中國科學院精密光電制造技術工程實驗室
　　中國科學院長春光學精密機械與物理研究所
　　2020.7-2023.6
　　32
　　中國科學院高端硅基材料工程實驗室
　　中國科學院上海微系統與信息技術研究所
　　2020.7-2023.6
　　33
　　中國科學院工業視覺智能裝備技術工程實驗室
　　中國科學院自動化研究所
　　2020.7-2023.6